Postojale su ozbiljne optužbe i sumnje da će na izborni dan biti pokušaja zloupotrebe biračkih spiskova, glasanja sa dokumentima koji nisu predviđeni Izbornim zakonom ili na drugi način zloupotrebe volje birača. CIK BiH nije uspješno prepoznala rizike koje će izborni dan u Stocu donijeti, a što je naknadno kulminiralo prekidom glasanja na 17 od 19 biračkih mjesta. Koalicija ,,Pod lupom“ je prva o tome obavijestila CIK i javnost. Zbog ranije spomenute političke pozadine imenovanja CIK BiH, te nemogućnosti postizanja prije svega političkog konsenzusa, tek više od mjesec dana nakon izbora CIK je pokrenula postupak utvrđivanja odgovornosti za događaje u Stocu u okviru svojih nadležnosti. Po okončanju pomenutog postupka, CIK je tijesnom većinom (4 glasa za, 3 protiv) donijela odluke kojom se razrješavaju dužnosti svi članovi OIK Stolac te im se zabranjuje angažovanje u izbornoj administraciji u trajanju od četiri godine. Političkim subjektima i njihovim kandidatima koji se dovode u vezu sa prekidom glasanja izrečene su mjere uklanjanja sa kandidatskih listi, te izrečene novčane kazne. Na odluke CIK-a upućene su žalbe Apelacionom odjelu Suda BiH, koji je uvažio žalbe koje se odnose na izrečene sankcije političkim subjektima i kandidatima, te pomenute odluke vratio CIK-u na ponovno razmatranje.
Podjele unutar CIK-a, političke pa i etničke donekle, bile su vidljive i prilikom donošenja odluka, a nastavile se njihovim odbijanjem od strane Suda BiH. Takođe, slučaj Stoca i prekida izbora istaknuo je i nedorečenost Izbornog zakona u smislu donošenja odluke o poništenju izbora koja Zakonom za ove slučajeve nije predviđena. Naime, Izborni zakon predviđa mogućnost za CIK BiH da poništi izbore onda kada je za vrijeme glasanja ili brojanja listića došlo do nepravilnosti koje mogu uticati na rezultate izbora. Izborni zakon, takođe, ne precizira rok u kojem se mora donijeti odluka o poništenju izbora.
U ponovljenom postupku, CIK BiH je na sjednici od 14. decembra ponovio ranije izrečene sankcije političkim subjektima sa dodatnim obrazloženjima i dokazima utvrđujući da su pojedini kandidati i politički subjekti odgovorni za ometanje i opstruiranje izbornog procesa u Stocu i korištenje jezika koji bi nekoga mogao navesti ili podstaći na nasilje ili širenje mržnje. Izrečene sankcije su uklanjanje imena sa kandidatske liste i novčane kazne za Salmira Kaplana, Demira Mahmutćehajića, Ahmeta Ljubovića ispred političkog subjekta Inicijative za Stolac, te Božu Raguža i politički subjekt Hrvatska koalicija za Stolac HSP BiH – HDZ 1990.
Centralna izborna komisija BiH je na sjednici održanoj 5. februara 2017. godine donijela odluku o raspisivanju i održavanju ponovnih izbora u opštini Stolac. Ponovni izbori su se održali 19. februara 2017. godine. Posmatrači Koalicije ,,Pod lupom” su pratili izbore u Stocu od otvaranja biračkh mjesta sve do okončanja prebrojavanja glasačkih listića na svih 20 biračkih mjesta. Primjedbi i prigovora na utvrđivanje rezultata nije bilo, niti su primijećene nepravilnosti koje bi mogle imati uticaj na rezultate izbora za načelnika i općinsko vijeće.
Ponovljeni izbori u opštini Stolac su protekli slobodno i pošteno, uz jedan incident i nekoliko manjih nepravilnosti. Izlaznost birača na izbore je bila nadprosječna za izbore u Bosni i Hercegovini i iznosila je 75,57%.
