Zabilježen je određeni broj incidentnih situacija i nepravilnosti koje su se dešavale u pojedinim opštinama i gradovima u vidu kršenja Izbornog zakona i provedbenih akata na izborni dan, te niz različitih vrsta nepravilnosti u predizbornom periodu.
Izborno zakonodavstvo BiH zasniva se na Aneksu III (Sporazum o izborima) i Aneksu IV (Ustav Bosne i Hercegovine) Opšteg okvirnog sporazuma za mir u BiH i Izbornom zakonu BiH koji osiguravaju adekvatan pravni okvir za provođenje demokratskih izbora. Izbornu administraciju u BiH čine izborne komisije (Centralna izborna komisija BiH i lokalne izborne komisije) i birački odbori. Centralna izborna komisija donijela je odluku o raspisivanju Lokalnih izbora u BiH 4. maja 2016. godine. Lokalni izbori održani su u nedjelju, 2. oktobra. Ukupno se biralo 3.277 nosilaca mandata. Na izborima je učestvovao 451 politički subjekt i ukupno 30.445 kandidata. Pravo glasa na ovim lokalnim izborima imalo je 3.255.018 birača na ukupno 5.469 biračkih mjesta.
Lokalni izbori 2016. održani su u političkom ambijentu koji je predstavljao izazov za demokratske, poštene, fer i slobodne izbore u zemlji. Izbornu godinu obilježili su konflikti parlamentarnih političkih subjekata na različitim nivoima vlasti, kandidata u pojedinim lokalnim zajednicama, polarizacija političkog spektra u entitetu Republika Srpska (RS) na dva bloka, referendum o danu tog entiteta, nizak intenzitet rada većine institucija vlasti i fokusiranost izabranih predstavnika na izbornu kampanju, neodržavanje izbora u Gradu Mostaru, veliki broj prijavljenih izbornih nepravilnosti prije izbornog dana, te izborna kampanja koju je obilježila izražena i/ili neprikladna retorika, pogotovo u etnički nehomogenim sredinama. Važno je istaknuti i izmjene izbornog zakonodavstva uoči raspisivanja izbora, a u kontekstu političkih prilika predaju i prihvatanje zahtjeva za kandidaturu za članstvo BiH u Evropskoj uniji.
Pažnja javnosti u predizbornom periodu bila je značajno usmjerena na dvije opštine u BiH – Srebrenicu i Stolac. Dok je u slučaju Srebrenice u pitanju kontinuirana politička napetost oko izbora načelnika koja se ponavlja od lokalnih do lokalnih izbora, u slučaju opštine Stolac riječ je o nizu zabilježenih izbornih nepravilnosti prije izbornog dana. Izostala je, prema mišljenju Koalicije, pravovremena reakcija Centralne izborne komisije BiH (CIK BiH) na prijavljene nepravilnosti, te je situacija kulminirala na izborni dan nasilnim prekidom izbornog procesa zbog nepoštivanja odredbi Izbornog zakona BiH i provedbenih akata CIK-a od strane pojedinaca iz lokalne izborne komisije i biračkih odbora, kao i jednog dijela kandidata sa listi političkih subjekata čime je ozbiljno narušen integritet izbornog procesa u ovoj opštini.
Priprema i organizovanje izbora od strane izborne administracije uglavnom je teklo u skladu sa Izbornim zakonom i provedbenim aktima. Međutim, u velikom broju slučajeva nedostajala je konkretna reakcija na uočene probleme, nedostatke i nepravilnosti u izbornom procesu od strane CIK-a BiH, posebno u dijelu koji se odnosi na sankcionisanje prekršioca. CIK BiH takođe rijetko reaguje po službenoj dužnosti, a izostaju i adekvatne sankcije od strane CIK-a BiH i drugih institucija za teža kršenja izbornog procesa, pogotovo kada su u pitanju navodi o trgovini mjestima u biračkim odborima o čemu je Koalicija obavijestila CIK BiH 7. septembra 2016. godine. Većina lokalnih izbornih komisija provela je adekvatne pripreme za održavanje izbora. Rad lokalnih izbornih komisija, u odnosu na Opšte izbore 2014., unaprijeđen je u organizacionom smislu donošenjem Uputstva o načinu rada i izvještavanju izborne komisije osnovne izborne jedinice u BiH čime je povećana odgovornost i transparentnost u radu ovih izbornih tijela. Koalicija je, kao i nakon Opštih izbora 2014., mišljenja da su birački odbori i dalje jedan od najvećih problema u izbornom procesu, te da je potrebno napraviti temeljite izmjene i konkretna unapređenja po pitanju načina imenovanja i obuke članova biračkih odbora. Zabilježeni su konkretni slučajevi trgovine mjestima u biračkim odborima od strane političkih subjekata što predstavlja gruba kršenja Izbornog zakona. Veliki broj nepravilnosti zabilježenih tokom izbornog dana, prema mišljenju Koalicije, rezultat je neobučenosti i nespremnosti biračkih odbora da kvalitetno iznesu izborni proces.
Izborna kampanja, kao i u ranijim izbornim ciklusima, počela je i prije zvaničnog početka 2. septembra. Za ove izbore, kampanja je pokazala da je veliki broj političkih subjekata usmjeren na manipulaciju izbornom voljom birača. Ovo se očitovalo kroz pritiske na birače, te kupovinu i podjelu različitih poklona biračima. Nastavljen je trend vođenja izborne kampanje na bazi izazivanja osjećaja straha među biračima, obično vezanim za etnonacionalne podjele u bh. društvu.
Načelno, može se reći da su standardi fer, objektivnog i izbalansiranog izvještavanja uglavnom ispoštovani kod većine medija. Ohrabrujući je podatak o smanjivanju govora mržnje, iako još uvijek postoje primjeri nekih drugih oblika neprimjerenog govora u javnom prostoru. Ono što zabrinjava su svakako slučajevi zagovaračkog izvještavanja u nekim medijima, odnosno tendencija da se o nekim političkim subjektima izvještava sa pozitivni(ji)m uklonom u odnosu na druge. Općenito, možemo reći da mediji jesu ispunili informativnu ulogu, no edukativna (obrazovanje javnosti, naročito o lokalnim temama) i orjentacijska funkcija, su bile nešto manje iskorištene.
Izborni dan je na većini biračkih mjesta i u lokalnim izbornim komisijama u BiH proveden u skladu sa Izbornim zakonom BiH i provedbenim aktima, te uglavnom u demokratskoj i fer atmosferi, izuzev izbora u opštini Stolac. Posmatrači i mobilni timovi Koalicije „Pod lupom“ zabilježili su i prijavili blizu 300 situacija na terenu koje Koalicija smatra značajnijim kršenjima izbornih propisa i pravila, a za koje je i traženo postupanje, odnosno reagovanje kako od strane biračkih odbora tako i lokalnih izbornih komisija. Najveći broj prijavljenih nepravilnosti se odnosio na otvoreno nagovaranje na glasanje – 43 prijavljena slučaja; sistematska kršenja izbornih propisa i pravila koja uključuju tzv. „porodično glasanje“, zloupotrebu instituta „pomoć pri glasanju“, vraćanje velikog broja birača sa biračkog mjesta jer nisu na izvodu iz CBS-a – 49 prijavljenih slučajeva; ali i 6 zabilježenih slučajeva dopisivanja glasova na glasačkim listićima. Veliki broj prijavljenih nepravilnosti se odnosi na neslaganja u testu tačnosti kojim se upoređuje stanje broja zaprimljenih glasačkih listića prije otvaranja biračkog mjesta u odnosu na zbir broja neiskorištenih, oštećenih i iskorištenih glasačkih listića nakon otvaranja glasačke kutije.
Posmatrači Koalicije su na izborni dan uložili 143 primjedbe u zapisnike o radu biračkih odbora u 64 opštine/grada. Prema dojavama posmatrača Koalicije, predsjednici biračkih odbora na 12 biračkih mjesta odbili su unijeti primjedbe posmatrača čime su drastično prekršili odredbe Zakona. Koalicija će zahtijevati izricanje sankcija za predsjednike ovih biračkih odbora.
CIK BiH je ispoštovala rokove koji se odnose na objavu izbornih rezultata. Rezultati Lokalnih izbora 2016. potvrđeni su i objavljeni 1. novembra. CIK BiH je zaprimila 390 prigovora i žalbi u vezi sa izbornim procesom, dok je Koalicija zabilježila da su lokalne izborne komisije zaprimile 104 prigovora od strane političkih subjekata samo u predizbornom periodu. Većina prigovora upućenih izbornoj administraciji u predizbornom periodu odbačena je po raznim osnovama.
Takođe, Koalicija je pratila implementaciju izbornih rezultata. CIK BiH je uručila uvjerenja o mandatima izabranim nosiocima izvršne vlasti, načelnicima i gradonačelnicima, 8. novembra. Velika većina lokalnih predstavničkih tijela, kao i skupština Brčko distrikta BiH konstituisane su u roku od 30 dana od dana objave potvrđenih rezultata, tj. do 30. novembra 2016. Deset lokalnih vijeća/skupština održalo je konstituirajuće sjednice nakon ovog datuma, dok u devet opština lokalna predstavnička tijela nisu bila konstituisana zaključno sa 12. decembrom 2016. godine.
Koalicija za slobodne i poštene izbore „Pod lupom“, koju čine 6 organizacija civilnog društva iz cijele Bosne i Hercegovine, posmatrala je predizborni, izborni i postizborni period u BiH putem Glavnog ureda u Sarajevu i 7 regionalnih ureda na terenu. U cilju što efikasnijeg posmatranja predizbornog perioda angažovan je 41 dugoročni posmatrač Koalicije za posmatranje izbora u svim izbornim jedinicama u kojima su se 2. oktobra održali Lokalni izbori. Za razliku od Opštih izbora 2014. godine, Koalicija „Pod lupom“ je na Lokalnim izborima 2016. godine dodatni fokus stavila i na posmatranje izborne kampanje političkih subjekata, te na monitoring medijskog izvještavanja. Koalicija je na izborni dan rasporedila 2.883 posmatrača na 2.562 biračka mjesta, pokrivajući svako drugo biračko mjesto u zemlji ili 49% od ukupno 5.205 redovnih biračkih mjesta, te u 141 lokalnu izbornu komisiju, 60 mobilnih timova i Pozivni centar. Metodologija dugoročnog posmatranja unaprijeđena je uvođenjem SMS sedmičnog izvještavanja, dok se posmatranje izbornog dana zasnivalo na metodologiji statistički utemeljenog posmatranja izbora (SBO) koja je prvi put u BiH razvijena i primijenjena od strane Koalicije „Pod lupom“ na Opštim izborima 2014. godine.